營改增已經(jīng)實施了四個階段，第一個階段2012年11月1日起交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營改增試點；第二個階段2013年8月1日起交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)營改增試點全國推廣，增加廣播影視業(yè)；第三個階段2014年1月1日起鐵路運輸、郵政業(yè)納入營改增；第四個階段2014年6月1日起電信業(yè)營改增。隨著營改增的不斷推進，增值稅扣稅憑證增加了一種扣稅憑證，稅收繳款憑證，減少了一種扣稅憑證，運輸費用結(jié)算單據(jù)?，F(xiàn)階段增值稅扣稅憑證，是指增值稅專用發(fā)票、海關(guān)進口增值稅專用繳款書、農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票、農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票和稅收繳款憑證。

一、減少的扣稅憑證（運輸費用結(jié)算單據(jù)）

隨著營改增的逐步實施，運輸費用結(jié)算單據(jù)抵扣的范圍和允許抵扣的稅額都執(zhí)行相應(yīng)階段的政策，到營改增的第三個階段，運輸費用結(jié)算單據(jù)這一抵扣憑證徹底退出了增值稅抵扣的歷史舞臺。

1、營改增第一個階段，部分省市開展交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)試點。

接受試點納稅人中的增值稅一般納稅人提供的交通運輸業(yè)服務(wù)，按照貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額計算進項稅額；接受試點納稅人中的小規(guī)模納稅人提供的交通運輸業(yè)服務(wù)，按照取得的代開增值稅專用發(fā)票上注明的價稅合計金額和7%的扣除率計算進項稅額。

接受交通運輸業(yè)服務(wù)，除取得增值稅專用發(fā)票外，按照運輸費用結(jié)算單據(jù)上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額。進項稅額計算公式：

進項稅額=運輸費用金額×扣除率

試點納稅人從試點地區(qū)取得的試點時間以后開具的運輸費用結(jié)算單據(jù)（鐵路運輸費用結(jié)算單據(jù)除外），不得作為增值稅扣稅憑證。

上海市在2012年1月1日完成新舊稅制轉(zhuǎn)換、北京市于2012年9月1日完成新舊稅制轉(zhuǎn)換，江蘇省、安徽省于2012年10月1日完成新舊稅制轉(zhuǎn)換，福建省、廣東省于2012年11月1日完成新舊稅制轉(zhuǎn)換，天津市、浙江省、湖北省應(yīng)當(dāng)于2012年12月1日完成新舊稅制轉(zhuǎn)換。

2、營改增第二個階段，除鐵路運輸之外交通運輸業(yè)試點推廣到全國。

接受試點納稅人中的增值稅一般納稅人或小規(guī)模納稅人提供的除鐵路運輸外的交通運輸業(yè)服務(wù)，按照貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票（包括代開的）上注明的增值稅額計算進項稅額。

接受鐵路運輸服務(wù)，按照鐵路運輸費用結(jié)算單據(jù)上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額。進項稅額計算公式：

進項稅額=運輸費用金額×扣除率

2013年8月1日（含）以后開具的運輸費用結(jié)算單據(jù)（鐵路運輸費用結(jié)算單據(jù)除外），不得作為增值稅扣稅憑證。

3、營改增第三階段，鐵路運輸納入營改增試點范圍。

2014年1月1日（含）以后開具的運輸費用結(jié)算單據(jù)，不得作為增值稅扣稅憑證。

二、增加的扣稅憑證（稅收繳款憑證）

從營改增開始試點起，稅收繳款憑證就作為代扣代繳的一種憑證進入了增值稅抵扣的鏈條，具體規(guī)定為：

接受境外單位或者個人提供的應(yīng)稅服務(wù)，從稅務(wù)機關(guān)或者境內(nèi)代理人取得的解繳稅款的中華人民共和國稅收繳款憑證（以下稱稅收繳款憑證）上注明的增值稅額。

納稅人憑稅收繳款憑證抵扣進項稅額的，應(yīng)當(dāng)具備書面合同、付款證明和境外單位的對賬單或者發(fā)票。資料不全的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。

目前總局暫無相關(guān)規(guī)范性文件規(guī)定稅收繳款憑證申報抵扣時限。

三、其他增值稅扣稅憑證

1、增值稅專用發(fā)票

從銷售方或者提供方取得的增值稅專用發(fā)票（含貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票、稅控機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票）上注明的增值稅額計算進項稅額。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2009〕617號）規(guī)定：增值稅一般納稅人取得的增值稅專用發(fā)票（包括：《增值稅專用發(fā)票》、《貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票》、《機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票》），應(yīng)在開具之日起180日內(nèi)到稅務(wù)機關(guān)辦理認(rèn)證，并在認(rèn)證通過的次月申報期內(nèi)，向主管稅務(wù)機關(guān)申報抵扣進項稅額。

2、海關(guān)進口增值稅專用繳款書

從海關(guān)取得的海關(guān)進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額計算進項稅額。

國家稅務(wù)總局海關(guān)總署公告2013年第31號規(guī)定：自2013年7月1日起，增值稅一般納稅人（以下簡稱納稅人）進口貨物取得的屬于增值稅扣稅范圍的海關(guān)繳款書，需經(jīng)稅務(wù)機關(guān)稽核比對相符后，其增值稅額方能作為進項稅額在銷項稅額中抵扣。納稅人進口貨物取得的屬于增值稅扣稅范圍的海關(guān)繳款書，應(yīng)按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2009〕617號）規(guī)定，自開具之日起180天內(nèi)向主管稅務(wù)機關(guān)報送《海關(guān)完稅憑證抵扣清單》（電子數(shù)據(jù)），申請稽核比對，逾期未申請的其進項稅額不予抵扣。

3、農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票、農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票

購進農(nóng)產(chǎn)品，除取得增值稅專用發(fā)票或者海關(guān)進口增值稅專用繳款書外，按照農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和13%的扣除率計算的進項稅額。計算公式為：

進項稅額=買價×扣除率

買價，是指納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品在農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票上注明的價款和按照規(guī)定繳納的煙葉稅。

購進農(nóng)產(chǎn)品，按照《農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》抵扣進項稅額的除外。

農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票目前總局暫無相關(guān)政策規(guī)定抵扣時限。