外資企業(yè)在終止經(jīng)營后，在企業(yè)注銷過程中應按稅法規(guī)定進行企業(yè)所得稅清算，根據(jù)清算所得計算繳納所得稅后即完成全部企業(yè)所得稅納稅義務。外資企業(yè)進行清算分配時，可能涉及對外方投資者要依法代扣代繳非居民企業(yè)所得稅的問題。

根據(jù)《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，非居民企業(yè)在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯(lián)系的，應當就其來源于中國境內的所得繳納企業(yè)所得稅。同時，《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，投資方企業(yè)從被清算企業(yè)分得的剩余資產(chǎn)，其中相當于從被清算企業(yè)累計未分配利潤和累計盈余公積中應當分得的部分，應當確認為股息所得；剩余資產(chǎn)減除上述股息所得后的余額，超過或者低于投資成本的部分，應當確認為投資資產(chǎn)轉讓所得或者損失。

對非居民企業(yè)所得應繳納所得稅，實行源泉扣繳，以支付人為扣繳義務人。稅款由扣繳義務人在每次支付或者到期應支付時，從支付或者到期應支付的款項中扣繳。外資企業(yè)注銷時，外資企業(yè)作為股息所得和股權轉讓所得的支付人，應依法代扣代繳外方投資者的非居民企業(yè)所得稅。

依據(jù)《國家稅務總局關于加強非居民企業(yè)股權轉讓所得企業(yè)所得稅管理的通知》（國稅函〔2009〕698號）的規(guī)定，在計算股權轉讓所得時，以非居民企業(yè)向被轉讓股權的中國居民企業(yè)投資時或向原投資方購買該股權時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價。如果同一非居民企業(yè)存在多次投資的，以首次投入資本時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價，以加權平均法計算股權成本價；多次投資時幣種不一致的，則應按照每次投入資本當日的匯率換算成，首次投資時的幣種。

外資企業(yè)作為扣繳義務人應扣未扣的，應按稅收征管法第69條和《國家稅務總局關于貫徹〈中華人民共和國稅收征收管理法〉及其實施細則若干具體問題的通知》（國稅發(fā)〔2003〕47號）文件規(guī)定，分別確定扣繳義務人和納稅人的責任，即應當責成扣繳義務人限期將應扣未扣的稅款補扣或向納稅人追繳應繳未繳的稅款，同時對扣繳義務人處應扣未扣稅款50%以上3倍以下罰款。